פריצתו הגדולה של אפלק הייתה בסרט "סיפורו של ויל הנטינג" (1997). אפלק ומאט דיימון כתבו את התסריט ושיחקו בסרט. השניים זכו ביחד בפרס האוסקר על כתיבת התסריט.
אפלק ידוע גם במשחק בסרטיו של הבמאי קווין סמית': הוא שיחק בכולם, חוץ מאשר ב"מוכרים בלבד".
בשנת 2007 ביים אפלק את סרטו הראשון - "נראתה לאחרונה". אחיו, קייסי אפלק לוהק לתפקיד הראשי.
