קוסטנר נולד בקליפורניה, עבודתו של אביו אילצה את המשפחה לנדוד. כנער שר במקהלה הבפטיסטית. בנערותו היה נמוך, אבל הצליח להיות כוכב כדורסל, פוטבול ובייסבול. סיים את לימודיו באוניברסיטה של קליפורניה וקיבל תואר בעסקים. באותה עת החליט לקחת שיעורי משחק חמישה ערבים בשבוע, ונישא לחברתו מהתיכון, סינדי סילבה.
זוכה פרס אוסקר לבמאי הטוב ביותר על סרטו "רוקד עם זאבים".