במשך 13 ימי חרדה ב- 1962, עצר העולם את נשימתו. משבר הטילים בקובה העמיד את ארה"ב בפני עימות פוליטי, דיפלומטי וצבאי מול ברה"מ.
האירועים הגורליים שיחררו לתודעה העולמית, דמויות ציבוריות כמו רוברט מקנמרה (בייקר), אדלאי סטיבנסון ורבים אחרים - פוליטיקאים, דיפלומטים וחיילים.
מעל כולם עמד נשיא ארה"ב, ג'ון פ. קנדי (גרינווד), ואחיו רוברט (קאלפ). עוזרו הנאמן של הנשיא, קני או'דונל (קוסטנר), היה עד להסלמה המפחידה, משרדו היה ממוקם מול החדר הסגלגל בבית הלבן, והוא שימיש צינור מידע לכל אנשי הצללים שבחשו בקדירה מאחורי הקלעים והיה עד לכל אותם רגעים מסמרי שיער.
13 יום הוא סיפורו של משבר הטילים בקובה, מהכי קרוב שאפשר.
