מרגרטה פון טרוטה נולדה בברלין ב-1942 ולמדה שפות וספרות גרמנית ולטינית במינכן ובפריז. היא הייתה שחקנית מבוקשת בסרטים של ריינר ורנר פסבינדר והרברט אכטרנבוש. היא עבדה על תסריטים של בעלה לשעבר פולקר שלנדרוף והשתתפה בבימוי העיבוד הקולנועי של היצירה "הכבוד האבוד של קתרינה בלום" מאת היינריך בל.
מרגרטה פון טרוטה נחשבת לאחת התסריטאיות הידועות בעולם. לאחר עבודת הבימוי העצמאית הראשונה שלה, "ההתעוררות השנייה של כריסטה קלאגס" (1978), היא יצרה סרטים חשובים ושנויים במחלוקת כגון "רוזה לוקסמבורג" (1986), "רוזנשטראס" (2003) ו"מבט: מחייה של הילדגארד פון בינגן" (2009). לאורך השנים, היא יצרה רפרטואר נרחב של סרטי קולנוע אידאולוגיים ומרשימים שתמיד הפגינו את הכישרון הבולט שלה במיזוג החוויה האישית עם המוטיב הפוליטי לכדי סגנון ייחודי עתיר רגש וקוסם לקהל הרחב. היא יצרה סרטים לקולנוע ולטלוויזיה וגרפה הצלחה גדולה בביתה השני, איטליה, עם סרטים כגון "מריאנה וג'וליאנה" (פרס אריה הזהב בפסטיבל ונציה 1981, הסרט הגרמני העטור ביותר בפרסים) ו"רוזנשטראס" (פרס גביע וולפי לשחקנית הטובה ביותר, קטיה ריימן, ב-2003).