"כיפה אדומה" הוא דרמת פשע על עבריין מתוחכם שבשל תהפוכות גורל שהולכות ונחשפות במהלך הסרט, ישב מספר שנים בכלא הרוסי, חוזר לישראל ומנסה למצוא את מקומו מחדש.
הימים השתנו, המאפיה הרוסית בעלייה וזאב אבוטבול הוא בדיוק האיש להחזיר למאפיה המרוקאית את תהילתה. על מנת לחסל את הבוס הרוסי השמור של המאפיה מגייס ומפתה אבוטבול את קטיה, נערה בת 17, על מנת שתבצע את ההתנקשות.
בין השניים הולכת ונרקמת מערכת יחסים מורכבת שהיא מצד אחד עיבוד מודרני של אגדת "כיפה אדומה" ומהצד השני דיון מורכב בביטוי "כיפה אדומה" שמשמעו בעולם הפשע הישראלי - חיסול מפתיע שמבוצע על ידי אדם הקרוב אלייך