סרט המשך לסרט "אליזבת" משנת 1998. הסרט השני עוסק בתקופה גורלית בחיי המלכה דרך שתי מערכות יחסים מכריעות בחייה של אליזבת מלכת אנגליה (קייט בלאנשט) כשברקע האומה נערכת למלחמה. על רקע השינויים החברתיים, הפוליטיים והדתיים של המאה ה-16, אליזבת מגלה כי מלך ספרד (ג'ורדי מולה) בונה ארמדת ספינות אימתנית, מתוך כוונה לכבוש את אנגליה הפרוטסטנטית ולהחזיר אותה לחיק הקתוליות. בעודה נאבקת עם איומים מבחוץ מגלה אליזבת שגם ברחבי הממלכה ישנם איומים - בת דודתה מרי סטיוארט מלכת הסקוטים (סמנטה מורטון) קושרת קשר נגדה יחד עם גורמים דתיים קיצוניים בהנהגת רוברט רסטון (ריס איפנס).
אליזבת מתכוננת למלחמה ובמקביל נאבקת עם משיכתה למגלה הארצות סר וולטר סקוט ריילי (קלייב אוון). היותה של אליזבת רווקה, מהווה נכס אסטרטגי עבור יועציה שחותרים למציאת שידוך הולם עבור "המלכה הבתולה" מתוך שאיפה לחזק את מעמדה של אנגליה בזירה הפוליטית ולכרות בריתות
שישפרו את סיכויי הממלכה במלחמה הקרבה