לפני כשנתיים חשב ג'ייסון בורן כי הוא השאיר את העבר מאחוריו. אבל עכשיו העבר שלו עומד לחזור.
בורן (מאט דיימון) ומארי (פרנקה פוטנטה) חיו חיים אלמוניים ושמרו על פרופיל נמוך, אבל בורן, מתודלק ברסיסי סיוטים ונרדף על ידי עבר שהוא אינו זוכר, מעביר את מארי מעיר לעיר בניסיון להקדים בצעד אחד כל איום אפשרי. הסכנה, שלעיתים מרומזת במבט חטוף של זר או בשיחת טלפון של "טעות במספר" עלולה בכל שנייה, ללא אזהרה, למשוך אותו חזרה לעולם שהוא מקווה שהוא הותיר מאחור.
כשפועל מופיע בכפר הישנוני שהיה לביתם האחרון, בורן ומארי מתקפלים מהר ומפנים את מבטם הלאה. העבר שלו נוקש בדלת, והאפשרות היחידה שלהם עכשיו היא לברוח. אבל ברגע שאחד הקווים נחצה ומירוץ החתול והעכבר מועלה לרף חדש - אותו ג'ייסון בורן שברא הפרוייקט הסודי "טרדסטון", האחראי להפצתם של רוצחים בדם קר חוזר.
לפני כשנתיים, עזב בורן את העולם הקטלני שברא אותו עם הבטחה לנקום אם מישהו ינסה ליצור קשר. עכשיו, כשברור שהעולם הזה קפץ לביקור, בורן מתכוון לעמוד במילה שלו.
מאט דיימון חוזר כג'ייסון בורן ושב לעולם האפל שלו כרוצח שכיר שהבזקי זיכרון מעולמו הקודם ממשיכים לטרוד את מנוחתו. "זהות במלכודת" הוא המשך סיפורו של הרוצח המתוקן והוא עונה על שאלות שנשארו תלויות באוויר ב"זהות כפולה".
