ברנדט היא תלמידה בפנימיית בנות שאוהבת לפלרטט עם הבנים שמעבר לגדר; לרוז ולקריספינה נולדו ילדים מחוץ לנישואין; מרגרט נאנסה ע"י קרוב משפחה במהלך שמחה משפחתית. ארבעתן מוצאות את עצמן מנודות מהחברה השמרנית שבה גדלו וממשפחותיהן, והן מועברות בבושת פנים ל"בית מגדלנה" מוסד של הכנסיה הקתולית המנוהל ע"י נזירות קפדניות, בו הן אמורות לכפר על עוונותיהן. ארבעת הבנות, שאינן מבינות מדוע נגזר עליהן לשהות שם, עושות הכל על מנת להימלט ממנו, אך מסתבר שהדבר אינו פשוט כל כך...
סיפורן של הארבע, המתרחש באירלנד הקתולית של אמצע המאה העשרים, הוא סיפורן האמיתי והקשה של כ30,000 נשים איריות, שנדחו ע"י משפחותיהן ונשארו נתונות ל"רחמי" הכנסייה הקתולית. נשים אלו הוגדרו ע"י החברה כמופקרות, ככישלונות חברתיים שיש לתקן, מבלי שביצעו כל פשע, כשכל אשמתן מסתכמת בהיותן נפגעות תקיפה מינית, אמהות חד הוריות או ליברליות.
"כל יום מחיי שייך לך, אלי. וכל מעשה ממעשיי ייעשה בכוונה טהורה לחלוק כבוד לך לבדך. מרגע זה ואילך אעניק אותם ללבך המקודש ובכך אקדישם לתהילתך ללא סייג. לכן אעשה אותם במלוא השלמות האפשרית. אל תניח להם, הו מושיעי האלוהי, להיטמא במה שאינו ראוי ללבך המקודש." כך פונות בנות מסדר הנזירות על שם מריה מגדלנה אל אלוהים. לאחר שפגשה את ישו, מריה מגדלה, שהייתה זונה, בחרה לחזור בתשובה ולכפר על חטאיה בהתמסרות מלאה אל האל.
באירלנד הוקם מסדר נזירות הנושא את שמה, אשר אליו הובאו נערות שלא בחרו בחיי נזירות, אלא הודחו אליהם בכפייה על ידי משפחותיהן. משפחות אלה הפנו עורף לבנותיהן, בטענות שונות. נערות אלה, שכל אשמתן שנאנסו, שנכנסו להיריון מחוץ לנישואין, או שסתם מצאו עצמן נמשכות לבני המין השני, הואשמו בהתנהגות בלתי הולמת ומחפירה. בשל כך, נגזר עליהן כי את המשך חייהן הן יעשו בין כותלי המנזר למען יינקה קלונן של המשפחות. במנזר, נערות אלה נענשו בהתעללויות ובהשפלות חוזרות ונשנות מידי הנזירות האחראיות.
במנזרי מגדלה, בתים חסרי תקווה, הופעלה יד קשה והתעללות פיזית ורגשית כלפי הנשים. הנערות שהושמו במנזר עבדו בעבודות פרך.
למרבה התדהמה, המנזר האחרון נסגר רק בשנת 1996!
הבמאי פיטר מולן קיבץ אל סרטו את מיטב השחקניות הצעירות הפועלות כיום בבריטניה. כמו בסרטי קולנוע המטבח האנגלי, מהם מולן שואב השראה לסרטו, גם 'האחיות מגדלנה', מלא באהבת החיים ובתשוקה לחירות. מולן מביים את סרטו בחמלה ובחומרה במקביל, והתוצאה קורעת לב. ברגעיו הקשים, סרטו של מולן חוזר לנוקשותן של יצירות מופת נוגעות לב כמו 'מושט' ו'בלתאזר' של הבמאי הצרפתי הנערץ רובר ברסון, וברגעיו היפים, הסוחפים ומעוררי ההשראה, 'האחיות מגדלנה' דומה ל'400 המלקות', סרטו הראשון של פרנסואה טריפו.
'האחיות מגדלנה' הספיק לעורר הדים ברחבי העולם. מולן, יצר סרט שערורייתי, חזק ומרגש, עטור פרסים, על חייהן של הנשים במנזר מגדלנה באירלנד. בכנסיה הקתולית לא היו מרוצים, מה"הוצאה מהארון" שעשה מולן למנזרי מגדלנה. הוא החל להתעניין בנושא בעקבות הסרט התיעודי 'Sex in a Cold Climate', ששודר בערוץ 4 הבריטי. הסרט עסק בקשייהן של נשות מסדר מגדלנה.
הפרסים והתשבוחות שהורעפו על הבמאי עם יציאת 'האחיות מגדלנה', כוללים זכייה בפרס תגלית השנה לבמאי בפסטיבל טורונטו 2002, וכן זכייה של הסרט בפרס אריה הזהב לסרט הטוב ביותר, בפסטיבל ונציה 2002.
