"מדינת ג'ונס החופשית" הוא דרמה תקופתית המתרחשת בזמן מלחמת האזרחים בארה"ב.
ניוטון נייט (מתיו מקונוהי), חוואי דרומי הנלחם בחזית, מחליט לערוק מהצבא לאחר הזוועות שחווה. במהלך מסע ההמלטות שלו הוא פוגש בעריקים אחרים ומנהיג אותם למרד אלים כנגד העבדות ולמען זכויות השחורים במדינה.
במהלך המרד הוא וחבריו מייסדים מדינה עצמאית בדרום הבוער של ארה"ב המכילה על עצמה חוקים משלה. כשהוא מתחתן עם שפחה שחורה הוא הופך את נישואיהם לבין-גזעיים הראשונים בתולדות האומה האמריקאית, ומנציח בספרי ההיסטוריה את דמותו השנויה במחלוקת.