"צבי הנינג'ה: יוצאים מהצללים" הוא פרק נוסף בהרפתקאות של הצבים האהובים ביותר ניו יורק.
הצבים חוזרים להילחם באויבם המושבע שרדר, ששוכר את שירותיו של המדען ד"ר בקסטר סטוקמן לייצר עבורו צב נינג'ה משלו, אך בתהליך מייצר בטעות את רוקסטדי ובי-בופ, הקרנף וחזיר היבלות הידועים לשמצה.
בינתיים בניו יורק פלישה של חייזרים ובראשם קרנג הרשע מביאה את הצבים לחבור לחבריהם האנושיים להילחם יחדיו.
