"אליס מבעד למראה" הוא סרט פנטזיה, מהסיפורים האהובים של לואיס קרול. הפעם אליס חוזרת לארץ הפלאות ונוסעת אחורה בזמן כדי להציל את הכובען המטורף.
אליס קינגסלי (מיה וסיקובסקה) בילתה את השנים האחרונות בעקבותיו של אביה והפליגה בים הפתוח. עם חזרתה ללונדון, היא נתקלת במראה קסומה וחוזרת לממלכה הפנטסטית של ארץ הפלאות עם חבריה הארנב הלבן (מייקל שין), הזחל הכחול (אלן ריקמן), חתול הצ'שייר (סטיבן פריי) והכובען המטורף (ג'וני דפ), אשר איבד את עצמו.
מירנה (אן האת'ווי) שולחת את אליס למסע כדי למצוא גלובוס מתכתי הנמצא בתוך החדר של השעון הגדול ושולט בזמן. אליס חוזרת אל העבר, ונתקלת בחברים ואויבים - בנקודות שונות בחייהם, ויוצאת למרוץ מסוכן כדי להציל את הכובען לפני שנגמר הזמן.