"קפטן פיליפס" מבוסס על סיפור החטיפה האמיתי של קפטן ריצ'ארד פיליפס וצוותו בידי פירטים מול חופי סומליה בשנת 2009.
הסיפור מפגיש בין שני מפקדים. קפטן פיליפס האמריקאי (טום הנקס) ומיוז (בארקהד עבדי), מפקד הסומלים. בפעם הראשונה ב-200 שנה, ספינה אמריקאית נחטפת על ידי רעולי פנים. הספינה האמריקאית, "האלבאמה", עמוסת סחורה הופכה למטרה נוחה בעבור חוטפיה. אך השאלה המתעוררת לאחר המעשה, היא מה לעשות עם הצוות שעל סיפונה.
כששני המפקדםנמצאים במסלול התנגשות בלתי נמנע ליד חופי סומליה הם מוצאים את עצמם משלמים את המחיר בשביל כוחות כלכליים שמחוץ לשליטתם.
