"בית לחם" מספק הצצה לעולם האפל, המותח והמרתק של המודיעין האנושי, בו הדרך הטובה ביותר להפעיל מקור, היא להיות האדם הכי קרוב אליו.
במרכז הסרט מערכת היחסים המורכבת בין רזי (צחי הלוי), רכז נפת בית לחם שב"כ לסנפור (שאדי מרעי), אחיו הצעיר של מפקד גדודי חללי אל אקצא בעיר.
רזי גייס את סנפור כמקור כשהיה בן 15 והשקיע זמן רב בבניית הקשר ביניהם. סנפור, שגדל תמיד בצילו של אחיו, מצא ברזי חבר ודמות אב, מישהו שמאמין בו וסומך עליו.
עכשיו, כשהוא בן 17, מנסה סנפור לתמרן בין הדרישות של רזי לנאמנותו לאחיו, חי חיים כפולים ומשקר לשניהם. כשבשב"כ מגלים את מידת מעורבותו של סנפור בפעילות של אחיו המבוקש, מוצאים את עצמם רזי וסנפור בסיטואציה בלתי אפשרית.
הסרט "בית לחם" נכתב על ידי הבמאי, יובל אדלר והכתב הוותיק עלי ואקד, לאחר שנים של תחקיר מעמיק.