אנחנו נכנסים לעולם הזר דרך עיניו של ג'ייק סאלי (סאם וורת'ינגטון), נחת לשעבר המוגבל בכסא גלגלים. למרות גופו השבור, בליבו הוא עדיין לוחם. הוא מגויס לנסוע מרחק שנות אור למוצב האנושי על כוכב פנדורה, היכן שתאגידים כורים מינרל נדיר שהוא המפתח לפתרון משבר האנרגיה של כדור הארץ.
בגלל האטמוספירה הרעילה של פנדורה, הם יצרו את תכנית האווטאר, שבה מחוברת התודעה של "נהגים" בני אדם לאווטאר, גוף ביולוגי נשלט מרחוק שיכול לנשום את האוויר הקטלני .האווטארים האלה הם יצורי כלאיים שמהונדסים גנטית ע"י ערבוב הדנא של בני האדם עם הדנא של האוכלוסיה המקומית של פנדורה.הנאבי.
כשהוא נולד מחדש בתור אווטאר, ג'ייק יכול ללכת שוב. מוטלת עליו המשימה לחדור לשורות הנאבי שהפכו למכשול רציני בכריית המחצב היקר. אך נאייטרי (זואי סלדנה), נקבת נאבי יפהפיה, מצילה את חייו של ג''יק ומשנה את הכל. ג'ייק נלקח ע"י השבט שלה ולומד להיות אחד מהם. כשמערכת היחסים של ג'ייק עם המדריכה שלו נאייטרי מעמיקה, הוא לומד לכבד את אורח החיים של הנאבי ומחליט להישאר לחיות עמם. בקרוב יאלץ ג'ייק להתעמת עם המבחן האולטימטיבי כשהוא מוביל את הנאבי לקרב אפי שיקבע את גורלו של העולם כולו.
