בשנת 1964 בכנסייה וותיקה בלב ליבה של שכונת הברונקס מנשבות רוחות סערה.
הנזירה בובייר (מריל סטריפ) ניהלה את המקום בעשרות השנים האחרונות ביד רמה, לפי האמונה ששיטת לימוד שמרנית שאינה רואה פסול באיומים והפחדה.
באותה השנה הכנסייה החליטה בצעד חריג ויוצא דופן לקבל לשורותיה נער שחור בתור תלמיד. הצעד החריג למעשה הוא תוצאה של האווירה הרעננה שהכומר פלין (פיליפ סימור הופמן) מנסה להנחיל. אווירה שרבים רואים כפתח לאסון.
כאשר אם המנזר, בובייר, מגלה כי הכומר פלין ניהל יחסים אסורים עם הנער החדש ואולי אפילו עם עוד נערים, היא יוצאת למסע צלב נגדו ולא תתן לדבר לעצור בעדה.
