כל מה שחשבנו שאנחנו יודעים על סיפור "כיפה אדומה" עומד להשתנות לעד בסרט הזה. "כיפה אדומה הסיפור האמיתי" מתחיל בסוף הסיפור ומפלס את דרכו בחזרה. הכול מתחיל כשקבוצת שוטרים מכוסי פרווה ונוצות מוצאים עצמם בבית של סבתא ביער, אחרי שהגיעה משם תלונה על בעיות בבית. בהתחלה נדמה שזהו עוד תיק "שיגרתי", על צייד שמתקיף זאב המתחזה לסבתא, שלחובתו נרשמות גם עבירות פריצה, כוונת טריפה בזדון ואחזקת גרזן ללא רישיון. אבל לפעמים רושם ראשוני יכול להטעות.
כשהבלש המתוקתק, ניקי פליפרס והשוטר קשה העורף גרילי, יחד עם הפקח ביל סטורק, מציבים שאלות בפני החשודים החלקלקים, הם מגלים כי לכל אחד מהם יש גרסה שונה לחלוטין, אם כי מופרעת ומוצקה באופן זהה.
אף אחד מבני הקבוצה אינו מה שהוא נראה וכל אחד מהם שומר על סודו ועל תחבולותיו. החוקרים חושפים במהרה שכיפ התמימה היא פקחית עד מאוד, שהזאב הרע הובן ממש שלא כהלכה, שלסבתא יש סוד שאף אחד לא העלה על דעתו ושהצייד חסר הביטחון, נו אתם כבר יודעים, יש לו כמה שאיפות מפתיעות משל עצמו.
