בהחלטה יוצאת דופן, הכנסייה הקתולית הכירה באחיזת דיבוק שטנית בנערה בת תשע עשרה, בוגרת קולג'. בתיאור של הבזקים מן העבר, "השדים של אמלי" מתעד את המשפט המצמרר של כומר המואשם בהזנחה שתוצאתה מותה של נערה צעירה שתוארה כאחוזת דיבוק. הסרט המבוסס על אירועים אמיתיים.
אמילי רוז (קרפנטר) עוזבת את ביתה הערירי אך המוגן כדי ללמוד בקולג' בלי לדעת מה מצפה לה במקום החדש. לילה אחד, לבדה בחדר השינה, היא חווה את ה"הזיה" הראשונה שלה והתמוטטותה. כאשר ההתקפות האלה נמשכות ונעשות חמורות יותר, אמילי, קתולית מאמינה, בוחרת לעבור גירוש שדים על ידי כומר הקהילה של מקום מגוריה, האב ריצ'רד מור. כאשר הנערה הצעירה מתה תוך כדי ניהול טקס גירוש השדים, הכומר מואשם ברצח והזנחה.
ארין ברונר (ליני), פרקליטה בעלת שם מקבלת בחוסר רצון לייצג את האב מור בתמורה לקבלתה כשותפה במשרד עורכי הדין בו היא עובדת. בעוד המשפט מתארך, הציניות וחוסר האמונה שלה מתערערים כתוצאה מאמונתו השלמה של הכומר.
