הסרט השלישי בטרילוגיית המטריקס מוצא את נאו (ריבס) ללא כוחותיו, בעולם המחבר את העולם האמיתי ועולם המכונות. בזמן שטריניטי (אן מוס) שומרת על גופו מחוסר ההכרה.
מורפיאוס (פישבורן) מנסה להאבק בידיעה כי "נבואת האחד", בה הוא האמין כל חייו, אינה אלא עוד שיטה לשליטה של הארכיטקט שהמציא את המטריקס.
הקרב האפי בין המכונות ובני האדם בציון מתחיל. הצבא של ציון נלחם באופן נואש למנוע את כניסת הזקיפים לעיר וסופו של המין האנושי.
אבל הסוכן סמית (וויבינג) מרעיל את ציון מבפנים, כוחו הולך וגודל מרגע לרגע ועכשיו הוא מהווה איום למכונות ולבני האדם כאחד.
עכשיו ניובי (פינקט סמית) עוזרת לטריניטי ונאו הנוסעים אל עיר המכונות, שם נאו עומד להתעמת עם הכוח הגדול ביותר בעולם המכונות ועם עסקה שעשויה להיות התקווה האחרונה לחיים.
