פרק ההמשך בסדרת הארי פוטר מוצא את הקוסם הצעיר (רדקליף) ואת חבריו רון ויזלי גרינט) והרמיוני גריינג'ר (ווטסון) מתמודדים עם אתגרים חדשים במהלך שנת הלימודים השניה שלהם בהוגוורטס, בית הספר לקסמים וכישוף, כשהם מנסים לחשוף כוח אפל המטיל אימה על בית הספר.
על הארי פוטר לא עבר קיץ קל, לא רק שהוא היה צריך לסבול את דודו ודודתו השתלטניים, ורנון (גריפיתס) ופטוניה (שואו) דרסלי, המפחדים מכוחותיו הקסומים, ואת בן דודו הבכיין דאדלי. אלא שהארי גם מרגיש שחבריו, רון והרמיוני, שכחו אותו מכיוון ולא ענו ולו לאחד ממכתביו.
ואז להפתעתו של הארי מופיע בחדרו שדון בית בשם דובי המזהיר אותו מסכנות גדולות האורבות לו אם יחליט לחזור להוגוורטס. דובי כל כך נלהב למנוע מהגריפינדור הצעיר לחזור להוגוורטס שהוא מנע מכל מכתביהם של רון והרמיוני מלהגיע אל הארי. אך למרות מאמציו השובבים של השדון, הארי ההחלטי ניצל מבית הדרסלים המשעמם בעזרתם של רון ואחיו המגיעים לקחת אותו במכונית מעופפת היישר לביתם החמים והמשעשע של הויזלים.
כשהארי ורון לא מצליחים בדרך מסתורית לעלות על רציף ¾ 9 בו מחכה רכבת האקספרס להוגוורטס, הם מגלים יוזמה ובוחרים לטוס להוגוורטס במכונית המעופפת. דרך חילופית זו שמעוררת את זעמו של פרופסור סנייפ (אלן ריקמן), הדורש להרחיקם מהוגוורטס לאחר שהשניים מתרסקים עם המכונית בדיוק על הערבה הבוכיה הקסומה.
בינתיים מתפשטים סיפורים על מעשי הגבורה של הארי מהשנה שעברה והוא מוצא את עצמו במרכז העניינים בבית הספר, כשבין מעריציו החדשים נמצאת גם ג'יני ויזלי (רייט), אחותו הצעירה של רון ולמרבה הרוגז גם הפרופסור החדש להתגוננות כנגד כוחות האופל גילדרוי לוקהארט (בראנה).
לוקהארט הרברבן מאוד אוהב את תשומת הלב ממנה הארי משתדל להימנע, ולכן הוא מרוצה מהקרבה לגיבור הצעיר של הוגוורטס. אך גם לוקהארט לא יכול להסביר את האימה החדשה המרחפת על בית הספר.
עכשיו כל העיניים מתמקדות בהארי, ותלמידי בית הספר מתחילים לאבד בו אמון, כולם חוץ מרון, הרמיוני וג'יני השברירית, המרוכזת מאוד ביומן האישי והמסתורי בו היא כותבת.הארי לא יכול לאכזב את חבריו, כעת, עם עזרתו של לוקהארט או בלעדיה, הוא יתעמת מול הכוח האפל המטיל את אימתו על הוגוורטס
