אביתר בנאי נולד ב-1973 בבאר שבע. הוא בנו של השופט יצחק בנאי, ואחיהם של אורנה בנאי, מאיר בנאי ואפרת בנאי. בשנת 1982 הקדיש לו אחיו מאיר בנאי את שירו הראשון, "אביתר".
אביתר בנאי למד במגמת קולנוע בבית-הספר התיכון "אשל הנשיא" בשנים 1986 עד 1990. כמו כן למד פסנתר במשך שמונה שנים.