"מרי מלכת הסקוטים" בוחן את סיפור חייה הסוערים של אחת הדמויות החשובות בהיסטוריה המודרנית -מרי סטיוארט הכריזמטית (סיראשה רונן) .
מרי, בת אצולה שגדלה בפאריס והתאלמנה בגיל 18, מתנגדת ללחץ להתחתן מחדש. במקום זאת, היא חוזרת אל מולדתה סקוטלנד כדי לקבל בחזרה את כס המלוכה. אבל סקוטלנד ואנגליה עומדות תחת שלטון אליזבת הראשונה (מרגו רובי) שרואה במרי הצעירה איום. שתי הנשים, המחשיבות זו את זו כ"אחיות", נאבקות על מעמדן בעולם הגברי, במסלול ששם אותן בהתנגשות בלתי נמנעת.
