בפניקס האפלה, הX-מן נאלצים להתמודד מול האויב הכי עצום וחזק עד כה: אחת משלהם, ג'ין גריי. במהלך משימת חילוץ בחלל, ג'ין נפגעת וכמעט נהרגת בידי כוח קוסמי מסתורי. כשהיא חוזרת הביתה, הכח הזה הופך אותה לא רק לחזקה הרבה יותר אלא גם לבלתי יציבה. כשהיא נאבקת ביישות הפנימית הזו, ג'ין משתמשת בכוחות באלה בדרכים שהיא לא יכולה להבין או להכיל.
כשג'ין לא בשליטה, פוגעת באלו שהיא אוהבת, היא מתחילה לגלות את מה שמחזיק את הX-מן יחד. עכשיו כשהמשפחה הזו מתפרקת, הם חייבים למצוא דרך להתאחד לא רק כדי להציל את ג'ין, אלא גם כדי להציל את כדור הארץ מחוצנים שמעוניינים להשתמש בכוח הזה כדי לשלוט בגלקסיה.
