"מסתור" הוא סרט מתח דרמטי המגולל את סיפורה של נעמי (נטע ריסקין), סוכנת מוסד שנשלחת לשמור על מונה (גולשיפטה פרהאני), משתפת פעולה לבנונית שנחשפה והוצאה בבהילות מביירות על ידי המוסד.
סיפורה של נעמי רימון (נטע ריסקין), סוכנת מוסד מצטיינת, הנושאת עימה כאב אישי גדול ורגשות אשמה שרק הולכים ומתגברים. ההצעה לנסוע לאירופה לשמור על משתפת פעולה לבנונית נשמעת לה כמו רעיון טוב. שבועיים באירופה וכמו שאמר לה הבוס "אין לך מה לדאוג, אף אחד לא מכיר את דירת המסתור הזאת וכל מה שאת צריכה לעשות זה לוודא שמונה לא תעשה שטויות".
מונה (גולשיפטה פרהאני), בת למשפחה לבנונית עשירה, מקושרת למוסד ועובדת בשירותו עד שהיא נחשפת ומוצאת במהירות מביירות. היא עוברת ניתוח פלסטי כדי שתוכל לעטות על עצמה זהות חדשה ולהמשיך הלאה. בינתיים היא זקוקה לשבועיים התאוששות והמוסד ממקם אותה בדירת מסתור בהמבורג. שבועיים והיא בדרכה לחיים חדשים.
מונה לא מחפשת צרות. היא השלימה עם העובדה שחייה כפי שהכירה אותם הסתיימו. אלא שיש לה עניינים לא פתורים ולא סגורים בביירות והם לא יעלמו גם אם תרצה מאוד בכך. אנשים רבים, בעלי כוח רב, מחפשים אותה והם יהפכו את העולם כדי לסגור חשבון. כדי להשתיק אותה לנצח. נעמי מבינה אט אט שאין משימות קלות בחיים.
שבועיים. שתי נשים. דירת מסתור. מסביב גהינום. השאלה היחידה היא מתי הוא יגיע אליהן, האם יוכלו לחמוק ממנו ומה צופן להן העתיד.
