"כוכב הקופים: המלחמה" הוא הפרק השלישי בסדרה, והפעם הקיסר והקופים שלו נאלצים להיכנס לעימות קטלני עם צבא של בני אדם בראשותו של קולונל אכזרי.
לאחר שהקופים סופגים אבדות קשות, הקיסר נאבק עם האינסטינקטים האפלים שלו ויוצא למסע נקמה למען בני מינו. כשהמסע לבסוף מביא את הקיסר והקולונל לעמוד פנים אל מול פנים, הם יוצאים לקרב שיקבע את גורל שני המינים שלהם ואת עתיד של הפלנטה.
