"מלכת המדבר" מספר את סיפורה של גרטרוד בל (1868 1926), חלוצה שפעלה כחוקרת, סופרת וחברה בשירות הביון הבריטי. מתוקף תפקידיה, בל הייתה לדמות המרכזית בפיתוח וביסוס המציאות פוליטית של המזרח התיכון כפי שאנחנו מכירים אותו.
כאישה משכילה וצעירה באנגליה של המאה ה-19, בל (ניקול קידמן) לא מצליחה למצוא שידוך שראוי להשכלתה ומעמדה. היא נוסעת לטהרן ופוצחת ברומן טרגי עם דיפלומט בריטי המכור להימורים. כישלון מערכת היחסים מביא אותה להחלטה לזנוח מרגע זה את חייה הפרטיים ולהקדיש עצמה אך ורק למסע וחקר באזור המזרח התיכון.
על רקע האימפריה העות'מאנית ונופיה המדבריים, בל לומדת שפות חדשות, מתרגמת ספרות וזוכה באמונם של שליטים מוסלמים בקהיר, בצרה ובגדד. כאשר מלחמת העולם הראשונה פורצת בל נמצאת בשיאו של הליך קביעת הגבולות של מדינות המזרח התיכון. בדיוק ברגע הקריטי והחשוב הזה היא חווה התאהבות פעם נוספת.
