"הקיסר" הוא סרט דרמה המתאר את האירועים וההחלטות בין הצבא האמריקאי והיפני - שעלו בעקבות סיום מלחמת העולם השניה.
הימים האחרונים של מלחמת העולם השניה, נפילת הקיסר היפני הירוהיטו ותחילתו של הכיבוש האמריקאי ביפן. הגנרל האמריקאי מק'ארתור (טומי לי ג'ונס) מוצא עצמו כמושל הבלעדי של המדינה מוכת המלחמה. הוא מציב לצידו את בונר פלרס (מתיו פוקס), חיל מודיעין צעיר ומומחה לתרבות יפנית, ומטיל עליו את המשימה קשה ביותר עליו לייעץ לו האם להעמיד את הקיסר הנערץ על ידי עמו לדין על פשעי מלחמה או דווקא להושיע אותו?
קרוע בין המצב הפוליטי הרגיש שבו נאלץ לתמרן לבין החיפוש האישי שלו אחר מורה יפנית שבה התאהב, בונר פלרס עומד בו זמנית לשנות את ההיסטוריה ולהגשים את משאלת ליבו.
