"בתוך הצללים" עוסק בתקופה אפלה בפראג של תחילת שנות ה-50, עת השלטונות העלילו עלילות שווא על הקהילה היהודית כדי להסית את דעת הקהל מהמצב הכלכלי.
האקל (איוון טרוז'אן), חבר במשטרה הקומוניסטית שחוקר מקרה שוד שבוצע לכאורה בחנות של צורף, חושף ראיות המאירות על המקרה באור חדש. הוא מגלה שהנסיבות לפשע הרבה יותר ממקריות. צוות מיוחד של בטחון המדינה לוקח את החקירה מידיו ומעבירה למומחה מזרח גרמני ביצירת משפטי ראווה. למרות בואו של המומחה הגרמני ממשיך האקל בחקירתו הפרטית לאמת.
גיבורי הסרט הקל וזנקה מגולמים על ידי מי שנחשבים בעיני רבים לשניים מהשחקנים הטובים ביותר במזרח אירופה. סבסטיאן קוך המגלם את זנקה הופיע כבר בעשרות שוברי קופות הוליוודים כמו "מת לחיות 4" ו"זהות לא ידועה" ואף כיכב בסרט הגרמני זוכה פרס האוסקר "חיים של אחרים". איוון טרוז'אן לא רק הופיע בחלק מהסרטים הגדולים ביותר בצ'כיה, אלא נחשב לאחד משחקני התיאטרון המבוקשים ביותר בארצו.
הסרט זכה לשבחים ממבקרים רבים וקיבל ביקורות חיוביות מרחבי העולם. רבים אף ציינו את סגנונו המיוחד והמוקפד והשוו אותו ליצירות קודרות של האחים כהן.
