חנות הפלאים של מר. מגוריום (דסטין הופמן) היא ללא ספק חנות הצעצועים הגדולה, המדהימה והמוזרה ביותר בעולם כולו. אין ילד בעולם שלא היה רוצה לבלות בה כל רגע פנוי.
אבל מר. מגוריום החליט שבגיל 243, שחלק גדול מהזמן הוא בילה בחנות הצעצועים, שהגיע הזמן לפרוש ולבלות קצת זמן עם עצמו.
היורשת הטבעית שלו היא לא אחרת ממולי מנהוני (נטלי פורטמן) השקטה והמופנמת שניהלה את החנות בשנים האחרונות.
מולי עצמה לא שקטה עם ההחלטה וחושבת שהתפקיד גדול עליה. אבל מר. מגורים אמר את דברו ושום דבר לא ישנה זאת.
אבל מיד עם כניסתה לתפקיד החדש משהו מאוד מוזר מתחיל לקרות בחנות הצעצועים. הרגשה אפלה ורעה מגיעה לחנות. פתאום מולי מגלה שיש לה דברים יותר גדולים לחשוש מהם.