"גנים אפלים" הוא סרט מרגש על אנושיות ואומץ לב של אנטי גיבורים בתקופת המלחמה ומבוסס על סיפור אמיתי אודות נער צעיר המגלה אמת לא צפויה על עברו של אביו.
לוסיאן בן 15 ואין דבר שמביך אותו יותר מאבא שלו, ז'אק, וההתנהגות המוקיונית שלו. ז'אק, מורה ותיק ומכובד, מרבה להתלוצץ בכיתה ולשעשע את התלמידים. כאשר הוא מתחפש לליצן עם רגליים ענקיות, איפור לבן ואף אדום גדול, כל הכפר צוחק ונהנה מלבד הבן שלו. לוסיאן גם לא מבין למה אמא שלו, לואיז, עוד מעודדת את הילדותיות הזו. אנדרה, החבר הטוב של ז'אק, רואה את התגובה של הנער ומספר לו סיפור שלא ידע על אביו, סיפור שחוזר בזמן אל הימים החשוכים של מלחמת העולם השנייה ועוזר ללוסיאן ללמוד קצת יותר על התנהגותו של אביו ועל החיים בכלל.