לאחר שליו קאנג (שו) וחבורתו האמיצה הכניעו את כוחות הרשע החוצניים בהנהגתו של שאו קאן האכזר (תומפסון) ב"מורטאל קומבאט" הראשון, הרוע חוזר! שאו קאן חוזר לכדור הארץ עם צבא השאול שלו במטרה להשתלט על הכדור ולאחד אותו עם ממלכת הרשע שלו. אין ברירה, לוחמינו האמיצים יילחמו עם כל האמצעים העומדים לרשותם עד לגירוש הצר האיום.
