פרופסור ספנסר הייל, חוקר פוקימונים מושבע, עסוק כבר זמן רב בחקירתם של יצורי פוקימון מיסתוריים המכונים 'הלא נודע'. 'הלא נודע', נראים כאותיות הא"ב וביכולתם להפוך מחשבות וחלומות אנושיים לאמיתיים.
במהלך עבודתו נעלם לפתע פרופ' הייל בדיוק באותה צורה שבה נעלמה אישתו שנתיים לפני כן כשחקרה את חידת ה 'הלא נודע'. מולי, ביתם הצעירה, נותרה עכשיו לבדה ללא אמא או אבא לטפל בה. הדבר היחידי שהיא חולמת עליו הוא להתאחד מחדש עם אביה.
'הלא נודע' קוראים את מחשבותיה והופכים את משאלת ליבה למציאות על ידי כך שהם מקיפים את בית משפחת הייל בזכוכית ובוראים בו את בית חלומותיה בו הפוקימון אנטאיי, האימתני, אך בעל לב זהב, מופיע כהתגלמותו של פרופ' הייל.
לא עובר הרבה זמן עד שמולי חושקת גם באמא, 'הלא נודע' חשים ברצונה אך לא שולחים את אימה האמיתית, אלא את דליה קטצ'ום, אימו של אש, תחתיה.
במקום אחר באותו זמן, אש ביחד עם חבריו ברוק, מיסטי ופיקאצ'ו עסוקים בהיכרות עם האיזור הסמוך לגרינפילד. בדרך הם פוגשים את ליסה שעורכת עם אש קרב פוקימונים ידידותי ומצטרפת לחבורה בדרכם לגרינפילד.
בעודם מתקדמים אל עבר יעדם, אש מופתע לפגוש את אימו ופרופסור אוק שבאו לחקור את היעלמותו של פרופ' הייל. הקבוצה מתיישבת לארוחה משותפת עד שלפתע מגיח אנטאיי במלוא כוחו, סוחב עימו את דליה והכל לפני עיניהם המשתוממות של החבורה.
בינתיים בית משפחת הייל מתמלא בקריסטלים שהופכים אותו לארמון זכוכית. דליה מבינה שמולי מאושרת כי חלומה התגשם אבל היא עצמה מתגעגעת לבנה אש ומבינה שהיא צריכה להגיע אליו במהרה לפני שארמון הזכוכית יהפוך לכלא ממנו אין יציאה.
השאלה הגדולה היא כיצד תוכל לעשות זאת?
בדיוק בנקודה הזאת מחליט אש החלטה אמיצה: הוא יציל את אימו ומולי מהכישוף של 'הלא נודע' ויחזירם לעולם האמיתי אף על פי שהוא יודע שלפניו ניצבים קשיים שאף אחד עוד לא התגבר עליהם לפניו
לסרט מצורף סרטון בונוס קצר באורך 22 דקות: "פיקאצ'ו ופיצ'ו" המפגיש את פיקאצ'ו האהוב עם האחים פיצ'ו השובבים. ב"פוקימון 3" יופיעו בפעם הראשונה על מסך גדול יותר מ 100 דמויות פוקימון חדשות, שהוצגו לראשונה בשנה שעברה במהדורת הכסף והזהב של משחק הפוקימון של 'גיים בוי'. גם חברים ותיקים יצוצו על המסך בשעת הצורך, אך גולת הכותרת היא דמותם של 26 יצורים סודיים, הנראים כאותיות הא"ב, מכונים 'הלא נודע' ומסוגלים לברוא עבור האדם מציאות חלופית בהתאם למחשבותיו.walla_ssr_page_has_been_loaded_successfully
